秸秆有机肥设备可以利用秸杆生产有机肥。采用堆肥发酵技术，接种发酵菌剂，使得秸杆纤维素迅速分解转化，各种病原菌、杂草种子和蛔虫卵等均可杀死，生产稳定性较强、养分种类齐全的生物有机肥。

　　一、粉碎搅拌工艺阶段
　　秸杆处理首先应将秸杆粉碎到一定的细度，然后向其中添加适量的家禽粪尿或污泥等原料调整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌种和酶。所需的秸秆有机肥设备有秸秆粉碎机、搅拌机等。
　　二、发酵工艺阶段
　　1、前发酵阶段，可在露天或发酵装置内进行，通过翻堆式强制通风为堆积层或发酵装置内供给氧气，以秸杆为主体添加畜禽粪便，好氧堆肥的主发酵期约为3～10天。所需的有机肥加工设备有发酵翻抛机、有机肥翻堆机等。
　　2、后发酵阶段，经过主发酵的半成品送到后发酵工序，将主发酵工序尚未分解的易分解有机物和较难分解的有机物进一步分解，使之变成腐殖酸、氨基酸等稳定的有机物，完全腐熟的有机肥制品，后发酵时间通常在20～30天以上。
三、深加工工艺阶段 
后处理可根据需要将其进一步干燥、粉碎，继而加工成作物专用有机、无机复混肥。深加工阶段所需工艺比较复杂，所徐设备有：粉碎机、造粒机、干燥机、包装机等。 
四、储运阶段 
贮藏堆肥一般在春秋两季使用，在夏冬就要积存，储存方式可直接堆存在发酵池中或袋装，要求干燥而透气。